Favignana, è collegata con la terra ferma dale compagnie Siremar e Ustica Lines con aliscafi e catamarani in partenza da Trapani, Napoli e Marsala.
Per arrivare a Favignana in aereo è necessario atterrare a Trapani Birgi o Palermo, presso l'aeroporto Falcone Borsellino (Punta Raisi). Arrivati in aeroporto di Trapani Birgi o a quello di Palermo Falcone Borsellino è possibile raggiungere il porto di Trapani con autobus di linea, taxi o pullman privati.
Per raggiungere Favignana in auto è necessario imboccare l’autostrada A29 da Palermo e seguirla fino all’uscita di Trapani (A29-dir). Una volta a Trapani, seguire le indicazioni per il porto. L’imbarco dell’auto o della moto è effettuato dai traghetti Siremar o dalla società “Traghetti per le Isole”
Palermo è servita da traghetti della Tirrenia, Grandi Navi Veloci e Snav in partenza da Genova, Livorno e Napoli.
Il porto turistico di Favignana è gestito dal circolo nautico. Nei suoi pontili galleggianti offre acqua e luce, assistenza ormeggiatori e carburante.
A Punta Lunga è possibile effettuare l’ormeggio al porticcolo dei pescatori se si possiede una piccola imbarcazione.